Первое поселение на месте современного города было основано в 1760 году (по другим данным — в 1734 году).
В 1760 построены почтовая станция и ямская изба. Поселение разрасталось за счет переселенцев из Латвии, Украины, Поволжья, Орловской губернии. В списке 1859 значится деревня Уярская при реке Уяр.
В конце XIX в. в связи со строительством Транссиба образована железнодорожная станция Уярская, в 1897 переименованная в станцию Ольгино, затем в станцию Клюквенная (по имени инженера-путейца; в 1973 возвращено первоначальное название Уяр).
В 1874 году в Уяре проживало 1060 человек.
Постепенно станция и село Уяр слились в один населенный пункт. В годы Гражданской войны в районе села действовал Клюквенский фронт, который вел ожесточенные бои с белочехами.
1 июля 1934 года Президиум ВЦИК постановил преобразовать селение Уяр (с селением Клюквенное при железнодорожной станции того же имени Томской ж. д.) в рабочий поселок «Уяр».
В 1944 году по указу властей РСФСР рабочий поселок получил статус города районного подчинения.
В послевоенные годы в городе построили завод железобетонных конструкций, асфальтобетонный завод, кинотеатры, многоквартирные жилые дома и другие социально-административные объекты.
В мае 2022 года в городе произошёл пожар, уничтоживший 201 дом.
